•발생배경: 외투기업 H사는 개별형 외국인투자지역으로 지정받은 조세감면 대상기업으로 증액투자와 관련한 증자 등기 시 등록세(지방세)를 감면받은 바 있으나, 2009년 12월 행정안전부는 조세특례제한법 상 증자 등기 시 등록세는 감면 대상이 아니라는 법령해석 공문을 각 지자체에 통보함. 이에 동 사는 해당 지자체에서 추징 조치한 등록세 1.2억원을 납부하였음

•주요현안: 행정안전부에서는 외투기업의 증자 등기 시 등록세 감면 여부에 대한 질의에 대하여 “감면 대상”이라는 회신을 한 바 있음(2004.6.8., 2008.10.23.). 한편 조세심판원은 2011년 3월 타 외투기업이 심판 청구한 등록세 부당 추징 조치와 관련, 신의성실의 원칙 내지 금반언(禁反言)의 원칙을 적용하여 부과 처분을 취소한다는 판결을 내림

•요청사항: 부당하게 추징된 지방세의 환급 지원을 요청함

•조치방안: 관계 행정기관(행정안전부)과의 협의를 거쳐 국민권익위원회에 조세 민원을 청구토록 지원함(→ 국민권익위원회가 검토 후 해당 지자체에 추징 세액 환급을 권고함)

•조치내용
‣ (2011.05.26.) 행정안전부(지방세운영과) 방문 및 업무협의

※ 행정안전부 의견: 기 추징 납부한 세금의 경우 조세심판원의 결정에도 불구하고 직접적인 환급 수혜가 불가능한 상황임. 다만 외투기업이 국민권익위원회에 “조세 민원”을 신청하여 동 위원회의 해당 지자체에 대한 시정 권고를 통해 환급받는 방법이 있음

‣ (2011.12.12.) 민원 접수 지원 및 국민권익위원회에 협조 요청

※ 국민권익위원회는 내부 검토를 거쳐 민원 신청 기업의 주장이 타당하다고 판단, 해당 지자체에 기 추징 세액의 환급을 권고하였음

•지원결과: (2012.02.17.) 해당 지자체에서 동 사에게 추징액 1.2억원 및 이자 포함 금액을 환급하기로 결정 통보함